Służbę Kontrwywiadu Wojskowego powołano 1 października 2006 r. W czasie pokoju pozostaje ona poza strukturami Sił Zbrojnych RP, natomiast w razie ogłoszenia powszechnej lub częściowej mobilizacji oraz w czasie wojny wchodzi w skład Sił Zbrojnych RP.
W rezultacie zmian ustrojowych zapoczątkowanych w Polsce w 1989 r. zreorganizowano struktury wojskowego wywiadu i kontrwywiadu.
Związek Sowiecki w kwietniu 1943 r. zerwał stosunki dyplomatyczne z Rządem RP i rozpoczął formowanie ludowego Wojska Polskiego. Wraz z nim organizowano Informację Wojskową, która zapisała czarną kartę w dziejach Polski. Służba ta była wzorowana na sowieckich organach kontrwywiadowczych Armii Czerwonej "SMIERSZ". Te z kolei wywodziły się bezpośrednio z NKWD. Na czele Informacji Wojskowej stali od początku oficerowie sowieccy. Zajmowali kluczowe stanowiska niemal do końca jej istnienia. W służbie obowiązywały sposoby szkolenia, metody działania i nazewnictwo rodem z organów sowieckich.
Polacy kontynuowali walkę u boku aliantów organizując Polskie Siły Zbrojne. Ochronę przed służbami wywiadu i dywersji zapewniły im komórki Oddziału II Informacyjno-Wywiadowczego Sztabu Naczelnego Wodza (Wydział Kontrwywiadu) oraz Ministerstwa Obrony Narodowej (Samodzielny Wydział Wywiadu Obronnego). Współdziałały z nimi komórki kontrwywiadu przy jednostkach wojskowych PSZ.
W latach 1921–1939 kontrwywiad wojskowy znajdował się w strukturach Oddziału II Sztabu Generalnego (od 1928 r. Sztabu Głównego), wiodącej wówczas służby informacyjnej II Rzeczypospolitej. W tym okresie wielokrotnie modyfikowano jego organizację. Od 1930 r. aż do wybuchu II wojny światowej działalność kontrwywiadu wojskowego organizował i prowadził Wydział IIb Zabezpieczenia Tajemnicy w ramach Oddziału II SGWP. Podlegały mu placówki terenowe utworzone przy każdym z dziesięciu dowództw okręgów wojskowych oraz przy dowództwie floty.
Geneza polskiego kontrwywiadu wojskowego sięga początków II Rzeczpospolitej. Okres organizowania i kształtowania tej formacji to lata 1918–1921, gdy Wojsko Polskie toczyło zacięte i zwycięskie wojny o niepodległość Polski i jej kształt terytorialny.