W 2006 roku w wyniku reformy wojskowych służb specjalnych, zlikwidowano Wojskowe Służby Informacyjne, powołując w ich miejsce Służbę Wywiadu Wojskowego oraz Służbę Kontrwywiadu Wojskowego, nadając im status urzędu administracji rządowej podległej Ministrowi Obrony Narodowej. W związku z powyższym, koniecznością stało się zbudowanie od podstaw nowej pod względem organizacyjnym i kadrowym służby specjalnej, właściwej w sprawach ochrony bezpieczeństwa potencjału obronnego Rzeczypospolitej Polskiej.
Służba Kontrwywiadu Wojskowego jest służbą specjalną i służbą ochrony państwa, właściwą w sprawach ochrony przed zagrożeniami wewnętrznymi dla obronności Państwa, bezpieczeństwa i zdolności bojowej Sił Zbrojnych Rzeczypospolitej Polskiej, oraz innych jednostek organizacyjnych podległych lub nadzorowanych przez Ministra Obrony Narodowej.
Służba Kontrwywiadu Wojskowego została powołana ustawą z dnia 9 czerwca 2006 r. o Służbie Kontrwywiadu Wojskowego oraz Służbie Wywiadu Wojskowego (Dz. U. 2006, nr 104, poz. 709, z późniejszymi zmianami). Formalnie zaczęła funkcjonować w dniu 1 października 2006 r., zgodnie z art. 1 ustawy z dnia 9 czerwca 2006 r. - Przepisy wprowadzające ustawę o Służbie Kontrwywiadu Wojskowego oraz Służbie Wywiadu Wojskowego oraz ustawę o służbie funkcjonariuszy Służby Kontrwywiadu Wojskowego oraz Służby Wywiadu Wojskowego (Dz. U. 2006, nr 104, poz. 711, z późniejszymi zmianami).
Ustawa o Służbie Kontrwywiadu Wojskowego oraz o Służbie Wywiadu Wojskowego wprowadziła nowe rozwiązania umożliwiające pełnienie służby, na tych samych zasadach, zarówno żołnierzom, jak i funkcjonariuszom, którzy nie są żołnierzami zawodowymi.